上海市歷史博物館是綜合反映上海地方歷史的地誌性博物館。上海地誌類博物館籌建工作始於上世紀五十年代的上海歷史與建設博物館。1983年建成 「上海歷史文物陳列館」，1991年7月改現名。
1983年，上海歷史文物陳列館暫借西郊上海市農業展覽館第五館作為臨時館址，1984年5月27日正式對外開放。陳列館通過一千三百多件文物、文獻以及圖片等資料，綜合展示了上海從遠古到1949年上海解放這一漫長的歷史畫面。
1991年10月，上海市歷史博物館在虹橋路1286號全新開館，基本陳列為「近代上海城市發展歷史陳列」，展出文物1500餘件，分六個部分，全面地展示了自1843年開埠到1949年解放的百年上海風貌，內容涵蓋近代上海租界的開闢和消亡，市政面貌的日趨改善，經濟的迅速崛起，文化的日益繁榮，移民社會獨特的民俗風情以及百年來的政治風雲。該陳列被國家文物局評為全國文物博物館系統首次「十大陳列展覽精品」之一，因租賃期滿於1999年3月關閉。
2001年5月，由上海市歷史博物館籌建之「上海城市歷史發展陳列館」於東方明珠廣播電視塔裙房內向社會開放。陳列館分「華亭溯源」、「城廂風貌」、「開埠掠影」、「十里洋場」、「海上舊蹤」五個部分。主要以場景和模型的藝術手法，輔以音響、多媒體資料查詢裝置及多媒體影視模型合成裝置等展示手段，以城市建築發展為主要線索，反映自古至今上海從一個濱海漁村發展為中國最大的工商都市的過程，突出地反映了近代上海在政治、經濟、文化、社會、生活等各個方面的歷史演變。2003年1月，上海市歷史博物館被上海市人民政府命名為「上海市愛國主義教育基地」。近年來，上海市歷史博物館舉辦了大量的臨時展覽和流動展，如「孫中山與上海——文物文獻檔案展」、「摩登都會——滬港社會風貌」展、「東風西漸——歐洲瓷器展」，取得了十分良好的社會反響和效益。在把各式展覽推向社會的同時，上海市歷史博物館還多次舉辦「名家談上海」系列公益性講座，宣傳了上海地方歷史和文物博物館知識，取得了較好的社會效果。
上海市歷史博物館藏品總數約11萬件，分十五大類：書畫、金屬、陶瓷、工藝、證章、文獻、印刷、紡織品、石刻、錢幣、照片、剪紙、郵票、唱片和其他雜項等。其中1841年江南提督陳化成督造的振遠將軍銅炮、1880年吳猷豫園宴樂圖軸、1895年英商道白生公司制清花機、清末點石齋畫報原稿、1911年民國總統候選人提名及當選人斗方、1923年上海滙豐銀行銅獅、民國百子大禮轎、民國柳亞子主編《上海通志稿》稿本、老上海地圖、《徵信錄》等都是館藏重要文物。
上海市歷史博物館長期堅持開展對上海地方文物歷史、民情風俗、人文環境、城市變遷、博物館學等方面的學術考察與研究，編輯出版了大量書籍。自2002年起，編輯出版《上海市歷史博物館館刊》。2007年，上海市歷史博物館成為中國博物館學會城市博物館委員會主任委員會單位。作為國際博協城市博物館專業委員會(ICOM-CAMOC)的主要成員，上海市歷史博物館積極開展與國內外城市博物館的合作，為推動城市博物館的發展作貢獻。
上海市歷史博物館的新建項目作為「十二五時期重大文化項目」已被列入上海市「十二五」規劃。新的歷史博物館是一座充分反映上海歷史發展軌跡的地方志博物館，定位於全面展示上海古代史與近代史文物，一座為公共開放服務的嶄新博物館已經亮相城區。
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